上海自然博物館の歴史は、1868年にフランスのカトリック神父ピエール?ハード（Pierre Heude）によって設立された徐家匯博物院（中国最古の博物館、1933年に震旦博物院に改称）、1874年にイギリス人によって設立されたアジア文会上海博物院（大英博物館王立協会に所属し、解放後に上海博物院に改称）に遡れる。1956年、震旦博物院と上海博物院をベースに上海自然博物館が正式に設立された。2001年、上海自然博物館は建制を廃止し、上海科学技術館に編入された。上海自然博物館の新館プロジェクトは2007年に正式に立ち上げられ、総投資額は13億元で、2009年6月26日に着工し、2015年第2四半期に一般公開を始めた。
